Η Πορτάρα, η μεγάλη μαρμάρινη πύλη που στέκεται ψηλά στη νησίδα Παλάτια, που σήμερα είναι ενωμένη με τη Χώρα της Νάξου, είναι ό,τι απέμεινε από το ναό του Απόλλωνα ο οποίος ξεκίνησε να χτίζεται τον 6ο-7ο αιώνα π.Χ. και δεν ολοκληρώθηκε ποτέ. Η Πορτάρα είναι η πρώτη εικόνα που αντικρίζει κανείς με το πλοίο μόλις μπει στο λιμάνι της Νάξου και το σήμα κατατεθέν του νησιού. Στο νησάκι σύμφωνα με την μυθολογία ο Θησέας εγκατέλειψε την Αριάδνη που την είχε «αρπάξει» φεύγοντας από την Κρήτη, μετά τον φόνο του Μινώταυρου. Στην πραγματικότητα αυτό που βλέπουμε σήμερα είναι η πύλη του ναού που άρχισε να τον κτίζει ο τύραννος Λύγδαμις, θέλοντας να παρουσιάσει ένα ναό μεγαλύτερο από τον ναό του Δία στην Αθήνα και το ναό της Ήρας στη Σάμο. Μετά από την πτώση της τυραννίας όμως στη Νάξο, ο ναός παρέμεινε ημιτελής. Σήμερα διακρίνονται μόνο τα θεμέλια του μεγαλοπρεπούς ναού. Η κατασκευή της πύλης έγινε από τέσσερα μεγάλα κομμάτια ντόπιου μαρμάρου που το καθένα τους ζυγίζει περί τους 20 τόνους. Έχει ύψος σχεδόν 6 μέτρα και πλάτος περισσότερο από 3.5 μέτρα. Κατά τον 5ο με 6ο αιώνα μ.Χ. ο αρχαίος ναός μετατράπηκε σε χριστιανικό που χρησιμοποιήθηκε μέχρι την εποχή της Ενετοκρατίας οπότε και καταστράφηκε ολοσχερώς όταν και τα μάρμαρά του χρησιμοποιήθηκαν από τους Ενετούς για την κατασκευή άλλων κτισμάτων, κυρίως του Κάστρου της Χώρας. Όσο λειτουργούσε όμως αναπτύχθηκε τριγύρω ένας οικισμός. Επειδή η στάθμη των υδάτων της θάλασσας από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα έχει υψωθεί, τα αρχαία παράλια έχουν καλυφθεί από νερά. Έτσι σήμερα ξέρουμε ότι τα Παλάτια στην αρχαιότητα ήταν ένας χαμηλός λόφος απέναντι από το Κάστρο και ενδιάμεσα υπήρχε μια πεδινή έκταση.